Durante gli anni di noviziato la vita interiore di preghiera del frate fu particolarmente intensa, e all’inizio del 1905 Padre Pio ebbe la prima esperienza di quella che doveva essere una delle manifestazioni più singolari della sua vita terrena: la bilocazione.
Quando era interessato a questo fenomeno Padre Pio si trovava in luoghi diversi nel medesimo istante, parlava, sentiva e viveva contemporaneamente due esperienze. In un luogo era presente con il corpo; in un altro era operante, assumendo una figura aerea del tutto simile al proprio corpo.
In una sua lettera il frate racconta un episodio: “Giorni fa mi è accaduto un fatto insolito: mentre mi trovavo in coro con fra Anastasio, erano circa le ore 23 del giorno 18 mese scorso, quando mi trovai lontano in una casa signorile, dove il padre moriva, mentre una bimba nasceva. Mi apparve allora Maria santissima che mi disse: ”Affido a te questa creatura; è una pietra preziosa allo stato grezzo, lavorala, levigala, rendila il più lucente possibile, perché un giorno voglio adornarmene”. “Come sarà possibile se io sono ancora un povero chierico e non so se un giorno avrò la fortuna e la gioia di essere sacerdote? Ed anche se sarò sacerdote, come potrò pensare a questa bimba, essendo io molto lontano da qui?” la Madonna soggiunse: “Non dubitare sarà lei che verrà da te, ma prima la incontrerai in San Pietro”. Dopo di ciò mi sono ritrovato nuovamente in coro”.
Parecchi anni dopo, nel 1923, una ragazza si recò a San Giovanni Rotondo e Padre Pio, vedendola, riconobbe che era la bambina nata 18 anni prima e le disse”Io so chi sei. Tu sei nata la notte in cui morì tuo padre”. Il giorno dopo nel confessionale, Padre Pio gli raccontò anche del giorno in cui, l’anno prima, lei si era recata a San Pietro e aveva ricevuto la confessione da un frate cappuccino; quel frate era lui che miracolosamente si era trovato nel confessionale. Fra Agostino, a quell’epoca guardiano del convento, mostrò alla ragazza il manoscritto in cui Padre Pio descriveva perfettamente la notte della sua nascita.
La ragazza, ammirata e convinta della santità di Padre Pio divenne sua figlia spirituale e gli rimase affezionata e devota per tutta la vita. In seguito i resoconti giurati e il manoscritto furono inclusi nella documentazione per la causa di beatificazione del frate.